Van 1610 tot in 1613 bouwden de Oudezijds Huiszittenmeesters vier pakhuizen voor de opslag van graan en turf op het terrein van het voormalige Leprozenhuis. Deze stadsturfpakhuizen vervingen hun oude turfpakhuis aan de Oudezijds Voorburgwal dat in gebruik kwam bij de Stadsbank van Lening. Het stedelijk College van Huiszittenmeesters verstrekte met name levensmiddelen (brood, boter, kaas) en brandstof (turf) aan armen die niet in een tehuis of een gesticht zaten, maar thuis woonden. Deze bedeling berustte vanouds bij de kerk. Eind zestiende eeuw vonden er na de Alteratie (1578) grote verschuivingen plaats en werden de zorgfuncties, waaronder de bedeling, aan protestantse instellingen overgedragen. De uitdeling aan de ‘oude zijde’ van de stad vond tot in 1655 plaats in de Oude Kerk, waar het college een kantoortje had en kas hield. In dat jaar kwam hun nieuwe kantoor-, vergader- en uitdeelcomplex gereed, het aan de pakhuizen grenzende Oudezijds Huiszittenhuis, de huidige Academie van Bouwkunst. In de frontons van het nieuwe kantoor kregen het stadswapen en het koggeschip een prominente plaats toebedeeld, terwijl verwijzing naar de kerk achterwege bleef. De huiszittenmeesters van de ‘nieuwe zijde’ maakten in dezelfde periode een vergelijkbare stap en verhuisden van de Nieuwe Kerk naar de Prinsengracht. Oorspronkelijk stonden de pakhuizen en het kantoorgebouw aan het water van de Leprozengracht. Deze is, met de aangrenzende Houtgracht, in 1882 gedempt waardoor het Waterlooplein ontstond. De pakhuizen behielden hun functie tot in de Franse Tijd, maar in 1808, toen de zorginstellingen van de oude en de nieuwe zijde werden samengevoegd kwam het hele complex in handen van het Rijk, die er een wapenhuis, het Arsenaal vestigde. In 1942 kwamen de pakhuizen weer in Amsterdamse handen. In de jaren na de Tweede Wereldoorlog werd veel van de ruimte van de pakhuizen bij de Academie van Bouwkunst gevoegd.
De pakhuizen hebben drie met zandstenen banden en blokken verlevendigde bakstenen gevels: de twee buitenste hebben puntgevels, het dubbele pakhuis in het midden heeft een trapeziumgevel. De panden hebben rondboogpoorten op de begane grond, met ovale lichtopeningen daarboven. Elk van de pakhuizen heeft de karakteristieke driedeling met een vrijwel doorlopende verticale rij van grote (in dit geval halfronde) vensters in het midden - de hijsluiken -, met kleinere vensters ter weerszijden. De vensters zijn afgewisseld met ronde en rechthoekige blindnissen. Tijdens de restauratie van de voorgevel begin jaren zestig van de vorige eeuw is de natuurstenen balustrade op de middelste gevel gereconstrueerd op basis van oude afbeeldingen. Bij een volgende verbouwingsronde in de jaren tachtig zijn de luiken verwijderd. De achtergevels aan de Nieuwe Amstelstraat lijken sterk op de voorgevels aan het Waterlooplein.
Het pakhuis had verdiepingen (‘zolders’) met zware eiken binten ondersteund door een onderslagbalk op zogenaamde standvinken. Dit zijn stijlen met twee schoren die een dragende muur vervangen, zodat een grote doorlopende ruimte kan worden gemaakt. Dit zien we vaker bij grote pakhuizen in Amsterdam. Van de oorspronkelijke constructie bleef niet veel bewaard, het overgrote deel is ooit vervangen door stalen balken en jukken. Bij de restauratie eind jaren vijftig moest de nog overgebleven oorspronkelijke, maar merendeels vergane balklaag worden vervangen. Om de oude, niet meer leverbare balkbreedte te verkrijgen werden telkens twee van sloop afkomstige balken, van 14 bij 28 centimeter, tegen elkaar gelegd.