Al in 1397 beschikten de Begijnen over een kapel die aan Maria was gewijd en waarschijnlijk van hout was. Over dit gebouwtje is nauwelijks iets bekend. Op 17 oktober 1419 werd een nieuwe kapel gewijd, op de plaats van het huidige kerkje. De kapel was gewijd aan de Heilige Maagd en de apostelen Johannes de Doper en Matteus. De vernieuwing en vergroting van de kapel hing direct samen met de grote toevloed van nieuwe Begijnen. Veel geluk hadden de Begijnen in deze jaren echter niet. Tijdens de twee stadsbranden van 1421 en 1452 werd het Begijnhof getroffen. De kapel brandde tijdens de tweede stadsbrand af en werd herbouwd. Opnieuw vond een wijding plaats, nu aan Maria, St. Ursula en Johannes de Evangelist. Dit is de kerk die nu in enigszins gewijzigde vorm nog op het Begijnhof staat.
Na de Alteratie in 1578 werden alle kerken en kloosters in beslag genomen. Ook de Begijnhofkapel kreeg een nieuwe functie. Zo werd de kapel voor houtopslag en als Engels soldatengasthuis gebruikt, als rederijkerskamer en als vergaderzaal voor de gilden.In 1607 herkreeg de kapel min of meer zijn oorspronkelijke functie, toen het gebouw in gebruik werd genomen als gebedshuis voor de Engelse hervormden in Amsterdam.
Oorspronkelijk bestond de kapel uit een eenbeukige zaal van zes traveeën. In 1665 werd echter begonnen met de bouw van de zuidelijke zijbeuk, omdat de bestaande ruimte te klein was geworden. De ranke westtoren heeft op de begane grond een breed portaal dat aan weerszijden wordt afgedekt door lessenaarsdaken. De vroegere aanwezigheid van een galerij aan de binnenkant is af te leiden uit de dubbele rij vensters in de noordgevel. 
De kapel is in de twintigste eeuw verschillende malen gerestaureerd (1912, 1967 en 1975), terwijl recentelijk de buitenzijde weer onder handen is genomen.
De oude inventaris van de kerk bestaat uit een eiken preekstoel uit het einde van de zeventiende eeuw, een koperen lessenaar voor de preekstoel, die in 1689 werd geschonken door Koning-Stadhouder Willem III en koningin Mary Stuart en een orgelkast in rococostijl uit 1753. Het orgel was gemaakt door Christian Müller, voor 2200 gulden. In 1874 werd het door een nieuw orgel door P. Flaes vervangen. Ook dit orgel was geen lang leven beschoren: in 1906 bestelde men bij de firma Ingram and Co. uit Edinburgh wederom een nieuw orgel, dat gedurende de gehele twintigste eeuw heeft dienst gedaan. In 1998 werd het echter verkocht en op 20 februari 2000 is een nieuw orgel in gebruik genomen, geleverd door Flentrop Orgelbouw, gebaseerd op de gegevens van het oorspronkelijke uit 1753 daterende orgel van Müller.
Een opvallend element in de kerk is een gedenkraam met het vertrek van de Pilgrim Fathers uit Leiden. Dit raam is een schenking van de Amerikaan van Nederlandse afkomst Edward Bok, die het in 1920 aan de kerk cadeau deed ter gelegenheid van de 300-jarige herdenking van het vertrek uit Nederland van de Pilgrim Fathers.