De Amstelkerk is de enige overgebleven houten noodkerk in Amsterdam. Ze werd vanaf 1668 provisorisch gebouwd in afwachting van de voltooiing van een definitieve stenen kerk. Die is er evenwel nooit gekomen, en de noodkerk is tot op de dag van vandaag blijven staan. Tegenwoordig is in de kerk het kantoor van de Amsterdamse Maatschappij tot Stadsherstel gevestigd. De middenruimte van het gebouw wordt verhuurd voor culturele activiteiten.
De Amstelkerk staat in het stadsgedeelte dat tijdens de vierde stadsuitleg van 1662 tot stand kwam. Het stedenbouwkundige plan voorzag in de bouw van een viertal kerken op min of meer regelmatige afstand van elkaar. Ze zouden komen te staan: nabij de Leidsegracht, op het Amstelveld, het Weesperveld (bij de huidige Roetersstraat) en op Wittenburg. De kerken zouden onderling verbonden worden door een lange straat tussen de Keizers- en Prinsengracht, de Kerkstraat. Alleen de Oosterkerk uit 1671 is uiteindelijk gerealiseerd.
Om in de onmiddellijke behoefte aan zielzorg te voorzien, werd in 1668 op het Amstelveld een noodkerk gebouwd. Ze werd in een hoek van het plein gesitueerd, aan de kant van de Reguliersgracht, zodat ze niet in de weg zou staan tijdens de bouw van de definitieve kerk.
Het houten gebouw werd ontworpen door stadsbouwmeester Daniel Stalpaert (1616-1676) die zelf tot het college van vier kerkmeesters behoorde. De kerk was nauwelijks meer dan een predikschuur, bestaand uit onbeschilderd grenenhout, vrijwel zonder enige vorm van verfraaiing, met een vloer van eenvoudige straatklinkers.

De middenruimte had de vorm van een kubus van 50 x 50 x 50 voet. Ze werd omgeven door vier lagere zijbeuken die half zo breed waren als de middenruimte. Hierdoor bedroeg het totale grondplan 100 x 100 voet (28,3 x 28,3 meter), dezelfde afmetingen als van de Oosterkerk die eveneens door Stalpaert is ontworpen.
Het middengedeelte werd gedragen door twaalf zware houten stijlen, die door middel van korbelen met liggers verbonden waren. De preekstoel, omgeven door de dooptuin, bevond zich tussen twee kolommen aan de kant van de Kerkstraat. Tegenover de preekstoel stond de Burgemeestersbank.
In 1673 kreeg de kerk een bakstenen aanbouw aan de zijde van de Reguliersgracht en een bakstenen kosterswoning aan de kant van het Amstelveld. Dit wijst erop dat de plannen voor een definitieve kerk al in een vroeg stadium op de lange baan zijn geschoven. De kerk werd aan de buitenzijde in een zacht rode kleur geschilderd, die het houtwerk in overeenstemming bracht met de stenen aanbouwen. In 1755 werd over de verticale beschieting een nieuwe horizontale betimmering aangebracht die in een lichte kleur werd beschilderd.
Pas omstreeks 1840 onderging de oude noodkerk inwendig voor het eerst belangrijke wijzigingen. Dit gebeurde naar een verbouwingsplan van Hendrik Springer die een in 1836 door het kerkbestuur uitgeschreven prijsvraag had gewonnen. Zijn plan werd op enkele punten aangepast door Cornelis Alewijn, hoofd van Stads Publieke Werken’, en na diens dood in 1839 voltooid door architect P.J. Hamer. De plaats van de preekstoel werd een kwart slag gedraaid, naar de zijde van het Amstelveld. De oorspronkelijke houtconstructie werd verborgen achter een betimmering van voornamelijk gotische vormen. De zijbeuken kregen gewelven en de halfronde bovenramen maakten plaats voor spitsboogramen. De gewelfconstructie ging schuil achter een vlak houten plafond waartegen een wit geschilderd doek werd gespannen. In 1892 was dit doek aan vervanging toe. Hieronder kwam een stucplafond versierd met rozetten rondom een luchtrooster en ondersteund door grote korbelen met acanthusbladeren, rozetten en voluten. Ook het meubilair werd vernieuwd. Als afronding van de bouwcampagne kreeg de kerk in 1843 een fraai orgel van de firma J. Bätz. De orgelkast was een ontwerp van Springer.
Vanwege het teruglopend kerkbezoek en de slechte staat waarin het gebouw zich bevond, besloot de Hervormde Gemeente in de jaren tachtig van de vorige eeuw de kerk af te stoten. In 1986 kocht de Amsterdamse Maatschappij tot Stadsherstel Amsterdam het gebouw voor het symbolische bedrag van een gulden. In de jaren 1988-1990 volgde een restauratie waarvoor architect G. Prins het restauratieplan opstelde. De zeventiende-eeuwse houtconstructie en de negentiende-eeuwse betimmeringen werden hersteld, maar de kerkinventaris werd verwijderd.
De zijbeuken werden van een verdieping voorzien. Hier kwamen, los van het bestaande gebouw, ingebouwde kantoorruimtes aan een rondom lopende galerij. Een ander deel van het interieur werd tot restaurant ingericht. De middenruimte bleef evenwel intact en ook de buitenzijde is vrijwel onveranderd gebleven.