Tijdens de restauratie van Herengracht 12 is een dendrochonologisch onderzoek gedaan om meer zicht te krijgen op de bouw- en ontwikkelingsgeschiedenis van het pand. Met dit onderzoek worden houtmonsters genomen waarmee op basis van de jaarringen kan worden bepaald hoe oud het hout is en waar het vandaan komt.
Het pand behoort tot de uitleg van 1614. Het besluit voor de uitleg werd op 29 november 1613 genomen. In januari 1614 werden de eerste percelen verkocht. Stadserf 11 uit park A – waarop Herengracht 12 staat – werd in 1614 gekocht door de kramer Cornelis Jansz, die het erf aan Leonardo de Beer verkocht, de bouwheer van het huis 'De Beer'. Waarschijnlijk is men in 1614 of 1615 begonnen met de bouw van het huis. De bewaard gebleven kap is een voor Amsterdam zeldzaam voorbeeld van drie gestapelde jukken.
Uit de vroegste fase van het pand werden zeven monsters genomen, waarvan er vijf kunnen worden gedateerd. Het gaat om twee monsters van eikenhout, afkomstig uit het stroomgebied van de Elbe. De kapdatum hiervan was 1612 en 1613. Op een van de standbenen (gehakt merk IIII), kwam een vlotmerk voor. De overige drie monsters waren van grenenhout, afkomstig van Gotland of het aangrenzende Zweedse vasteland. De datering was in twee gevallen 1613 en in één geval 1611. Hiermee zien we een bevestiging dat dit hout soms pas meerdere jaren nadat het werd gekapt werd verwerkt, maar dat de marges in feite klein zijn. Dit bleek ook uit de kelder van het pand, waaruit drie houtmonsters van paalkoppen werden gezaagd. Slechts één hiervan leverde een datering op. Het betrof een monster van grenenhout uit 1613, afkomstig van Gotland of het aangrenzende Zweedse vasteland. De twee andere monsters, van vurenhout, bezaten te weinig ringen om te kunnen dateren.
In het begin van de 18de eeuw verbouwde brouwer Nicolaas Noppen het pand en voorzag het van een nieuwe voorgevel. Behorend tot deze fase werden op de tweede verdieping aan de voorzijde drie moerbalken geboord, waarvan er één was voorzien van drie vlotverbindingsgaten. Een datering van deze balk mislukte helaas. Op deze onderdelen werden geen telmerken aangetroffen. De kapdatum van twee overige balken leverde een datering van 1682 op, met behulp van de Berlijnse curve en een datering van 1709 met behulp van de curve van Gotland. Deze laatste datering biedt een betrouwbare indicatie, dat de voorgevel niet eerder dan in 1710 tot stand is gekomen.