De eerste caisson werd afgezonken op de plaats van de Nieuwebrug, middenin de stroomgeul van de oude rivier. De tweede caisson ligt hier ten noorden, in het voormalige open IJ. Oorspronkelijk, ten tijde van het ontstaan van de nederzetting in de twaalfde eeuw, was de Amstel breder dan nu. De droge oevers lagen bij de Kalverstraat en de Nieuwendijk aan de westzijde en de Nes en de Warmoesstraat aan de oostzijde. Vooral de westelijke oever breidde zich in de loop der eeuwen flink uit met aanplempingen. Rond het midden van de veertiende eeuw verrees enkele honderden meters ten noorden van de Oudebrug (voor het Beursgebouw) de eerste houten Nieuwebrug. In 1529 werd het westelijk deel ervan voor het eerst in steen uitgevoerd. Burgemeester Johannes Hudde maakte in 1681 een begin met de bouw van een waterkering, bedoeld om de invloed van het zeewater in de grachten terug te dringen, alsmede op het vieze grachtenwater te kunnen spuien. Hiertoe werd onder meer de Nieuwebrug geheel uit steen opgetrokken en voorzien van twee sluizen met dubbele vloeddeuren, bevestigd aan drie paar zware brughoofden. In de eeuwen daarna volgden nog meerdere aanpassingen aan de brug.
Ten behoeve van de aanleg van de Noord/Zuidlijn is de Nieuwebrug in 2004 tijdelijk ontmanteld, waarbij de afdeling Archeologie ondermeer de sluisvloer in kaart heeft gebracht. Bij die gelegenheid is ook de bovenste slibbodem van het Damrak op archeologische vondsten onderzocht. Naast recent afval zoals fietsen bleek dat de bagger op geringe diepte al archeologisch materiaal van uitzonderlijke kwaliteit bevatte, zoals een zeventiende-eeuwse tabaksdoos als een van de eerste vondsten bewees.
Het werkelijke archeologische onderzoek op het Damrak startte met het afzinken van de caisson in een eerste fase tot 14 m –nap in september 2005. In een tweede afzinkfase werd deze betonnen bak van 60 x 20 x 15 m in 2006 tot 25 m –nap verder afgezonken tot de definitieve diepte. In maart en april van 2006 werd tevens de tweede caisson van ca. 26 x 12 x 15 m afgezonken.
Het afzinkproces bestond eruit dat de grond onder de caissons met hoge druk waterkanonnen werd losgespoten waarna het mengsel van grond en water werd afgepompt. Onder de caisson heerste overdruk om het grondwater weg te persen zodat een droge werkruimte ontstond. Vanwege de overdruk en daarbij horende veiligheidsmaatregelen waren de werkomstandigheden beperkt om de archeologen uitgebreid vondsten onder de caisson te laten bergen.
Om het nodige archeologische onderzoek uit te voeren, werd het veldwerk op drie elkaar aanvullende werkwijzen verricht.
Ten eerste werd al het opgepompte materiaal over een grote industriële zeefinstallatie geleid. Deze zeefinstallatie had twee zeefdekken met 4 cm en 1 cm maaswijdte en voldoende capaciteit om de enorme hoeveelheden (tot 10.000 m3 per dag) slurrie te verwerken, waarmee alle vondsten groter dan 1 cm werden onderschept.
Tijdens het spuiten van de grond was dagelijks een archeologisch waarnemer onder de caisson aanwezig om kwetsbare en complete voorwerpen te bergen en vooral de herkomst van de vondsten van de zeef vast te leggen.
Een meer uitgebreide documentatie van de vondstlocaties en een nauwkeurige kartering van de bodemstratigrafie voerde een ploeg archeologen uit die ’s avonds na beëindiging van het spuitwerk onder de caisson kon werken. Dit was het moment om vondsten per laag in te meten en te verzamelen en om op geschikte locaties verticale profielen te maken en bodemmonsters te nemen. Deze bodemmonsters worden uitgewerkt om gegevens te verzamelen over de ontwikkeling van landschap, milieu en klimaat in de voorbije millennia.